Su estructura organizacional funciona con base en el esquema del CFIA. El CIC, al igual que los otros cuatro colegios que componen el CFIA, tiene 17 Delegados ante la Asamblea de Representantes, que es el máximo organismo dentro del esquema del CFIA. Los 17 delegados se conforman por los 7 miembros de Junta Directiva del CIC y 10 delegados que se nombran todos los años en la Asamblea General Ordinaria del CIC (Octubre de cada año). Además, el CIC cuenta con dos representantes ante la Junta Directiva General del CFIA, quienes son nombrados por un período de 2 años. Según lo establecido en la Ley del CFIA, el CIC tiene una Junta Directiva que es la responsable por la administración del Colegio. Los cargos son Presidente, Vicepresidente, Secretario, Tesorero, Fiscal, Vocal I y Vocal II. Igualmente, la Ley del CFIA establece con claridad las funciones y responsabilidades de cada uno.

Para su administración interna, el CIC se apoya en una estructura conformada por un grupo de profesionales en diferentes áreas que se encargan, no solo de materializar los lineamientos que dicta la Junta Directiva sino también, de dar un servicio de calidad a los profesionales miembros, quienes son reconocidos como el cliente No. 1 de este Colegio Profesional. Para las labores normales se trabaja con equipos de colaboradores, miembros del CIC, en diferentes áreas de interés, equipos que se conocen con el nombre de Comisiones. Es importante aclarar que las actividades de tipo técnico como Congresos, Seminarios, charlas técnicas, entre otros. Son organizadas directamente por el personal administrativo del CIC. Finalmente, el CIC cuenta con la colaboración de sus Asociaciones adscritas, que son grupos de colegas que unen esfuerzos para trabajar en función del desarrollo de áreas de la ingeniería civil por especialidad.